W czasach pogańskich na szczycie Łysej Góry znajdował się ośrodek kultu religijnego – świątynia trzech bożków: Śwista, Pośwista i Pogody.
Na początku XI wieku na Łysą Górę zostali sprowadzeni zakonnicy, którzy dali początek sanktuarium na ziemiach polskich. Współcześni historycy datę założenia opactwa przypisują jednak na początek XII wieku, twierdząc, że jego fundatorem był Bolesław Krzywousty. Z tego okresu zachowały się do dziś nieliczne fragmenty.
W niedługim czasie Łysa Góra stała się miejscem niezwykłym, otoczonym opieką królów i możnych ówczesnej Polski. Centrum kultu były relikwie Krzyża Świętego, podarowane przez króla węgierskiego Stefana I braciom benedyktyńskim. Należy przypuszczać, że od sprowadzonych tu relikwii w XIII wieku przyjęła się nazwa “Święty Krzyż”.
Sanktuarium w swej historii miało także burzliwe dzieje. Na klasztor w 1241 roku, a później w 1260 roku napadli Tatarzy, których przyciągały wieści o jego ogromnych bogactwach i skarbach. Pod koniec 1370 roku Litwini docierający na Święty Krzyż, rabują relikwie Drzewa Krzyża Świętego. Zwracają je jednak, dowiadując się o szerzącej się dżumie. W 1447 roku i 1459 roku klasztor nawiedziły pożary. Przy pomocy króla oraz kardynała Zbigniewa Oleśnickiego budynki szybko odbudowano. W XVI wieku na sanktuarium napadają Tatarzy, a w 1655 roku i 1704 roku Szwedzi.
W roku 1819 następuje kasata opactwa. Skarbiec klasztorny, cenne szaty liturgiczne oraz bogata biblioteka, licząca 6 tysięcy woluminów, zostaje uratowana dzięki Samuelowi Bogumiłowi Lindemu – dyrektorowi Warszawskiej Biblioteki Publicznej. Wiele cennych dzieł jednak wykradziono.
Przez przeszło 700 lat opactwo świętokrzyskie przestało istnieć. W roku 1820 w czasie ewakuacji klasztoru relikwie Drzewa Krzyża zostały przeniesione do kościoła w Nowej Słupi. W roku 1821 biskupowi sandomierskiemu udaje się wyjednać u władz świeckich pozwolenie na przeniesienie relikwii do klasztoru oraz zamieszkanie w nim 3 benedyktynom, którzy przez 35 lat opiekowali się relikwiami. Od 1871 roku opiekę nad klasztorem przejęli księża diecezjalni. Zaś w 1849 roku nakazem carskim opactwo przeznaczono dla księży demerytów (księży skazanych za wykroczenia przeciwko prawu kościelnemu).
W 1882 roku zapadła decyzja zmiany części dawnego opactwa na więzienie karne. Od 1893 roku było to “kieleckie więzienie poprawcze”. W latach 1941-42 Niemcy zamienili miejsce na obóz zagłady dla jeńców radzieckich. Zginęło w nim ok. 6000 osób. Po odzyskaniu niepodległości mury i pomieszczenia, wzniesione w czasie adaptacji obiektu na więzienie, rozebrano z wyjątkiem budynku dawnego szpitala. W zachodnim skrzydle znalazło siedzibę Muzeum Przyrodnicze Świętokrzyskiego Parku Narodowego.
Trepka, Henryk, Ziemia Świętego Krzyża. Historia, kultura, przyroda, Kielce 2010.
